Koncem 19. století měly Vršovice 13 tisíc obyvatel převážně katolického náboženství a kapacita kostela sv. Mikuláše ani po přestavbě a rozšíření v roce 1896 nestačila poptávce. U příležitosti povýšení obce na město 1. května 1902 se tehdejší vršovický farář František Dusil rozhodl založit Spolek pro zbudování nového katolického chrámu Páně ve Vršovicích. Na první valné hromadě spolku 3. dubna 1902 byly schváleny stanovy a Dusil navrhl, aby budoucí svatostánek byl ukázkou moderní české architektury. Protektorem spolku se stal arcibiskup pražský kardinál Lev Skrbenský.

Kromě členských příspěvků a sbírek získal spolek značnou část peněz potřebných na výstavbu díky úspěšné investici do pozemků v sousedních Záběhlicích. Dusil je koupil pro spolek v roce 1904 a v pozdějších letech, kdy jejich cena prudce vzrostla, je se ziskem prodal. Budoucí kostel měl původně stát na pozemku vedle Vršovického zámečku (Rangherky), bývalé továrny na výrobu hedvábí, ale na místě vznikl park a spolek musel najít jiné místo. To bylo záhy nalezeno na starém zádušním hřbitově, který se rozkládal na místě dnešního Čechova náměstí, a na němž se přestalo pohřbívat v roce 1903.

Plán v pseudorenesančním stylu pro původní lokalitu vypracoval místní stavitel Bohumil Hrabě. Plány pro nové místo navrhl profesor průmyslové školy v Praze inženýr Václav Materka. Návrh budovy v renesančním stylu obsahující například kopii kupole chrámu sv. Petra v Římě se však ukázal být nepoužitelný pro svoji velkou nákladnost. Kvůli 1. světové válce musel spolek svoje aktivity přerušit. Na své plány navázal až v roce 1925. ArcibiskupFrantišek Kordač pověřil nastupujícího faráře Stanislava Pilíka, aby se postaral o realizaci stavby. Architekt Materka zpracoval dokumentaci železobetonové stavby a plány byly předloženy arcibiskupské konzistoři. Ta se však 5. listopadu 1927 rozhodla vypsat novou veřejnou architektonickou soutěž. 15. prosince 1927 vybírala z 52 návrhů. Jednoznačný vítěz nebyl zvolen. Do užšího finále byli pozváni architekti Gočár, Rudolf Kabeš a Vladimír Bolech. Jako nejlepší byla 2. července 1928 vybrána varianta Josefa Gočára.

Na základě vítězného projektu byl podán návrh na zrušení hřbitova a uložení exhumovaných ostatků do pohřební krypty pod pohřební kaplí budoucího kostela. Blížící se svatováclavské milénium uspíšilo realizaci projektu. Základní kámen byl slavnostně položen 20. května 1929 za přítomnosti strahovského opata Metoda Jana Zavorala a první výkop provedl světící biskup Antonín Podlaha. Chrám vystavěli pracovníci stavební firmy inženýra Strnada za 11 měsíců. Kostel byl vysvěcen pražským arcibiskupem Františkem Kordačem 21. září 1930.[3][4]

    První doložená zmínka o kostele ve Vršovicích je z roku 1328. V té době vršovická farnost zasahovala až k hradbám Nového Města Pražského a náležela spolu se sousedními farnostmi Záběhlicemi a Hostivaří do říčanského děkanátu.

Kostel byl vybudován na místě románské kapličky, která byla v roce 1028 zasvěcena Máří Magdaleně. Kaple byla uvnitř široká 4,8 m a dlouhá 5,5 m a oltář tvořil kamenný stůl. Roku 1374 byla kaplička přestavěna na gotický farní kostel (původní kaple byla prodloužena o 11,13 metru). Jeho zasvěcení sv. Mikuláši je doloženo až v roce 1422, kdy byl nový kostel „povýšen“ na kostel farní. 

Již tehdy byla zmiňována farní budova (stála na místě pozdějšího obecního domu č. 42) a i poté, co byla později přeměněna na hospodu, se o ní mluvilo, jako o „staré faře“. Za husitských bouří byl kostel vypálen a k jeho obnově dochází až po třicetileté válce - v letech 1668 až 1677.

V té době byl 16,6 m dlouhý a jeho šířka při zábradlí byla 4,80 m a v části pro lid 7,35 m. V jinak holých zdech bylo 10 oken a 1 okno vedlo z presbytáře do oratoria nad sakristií. Věž kostela je jednoduchá a je opatřena bání. Kromě hlavního oltáře zde byly ještě tři postranní oltáře – Panny Marie Bolestné, sv. Anny a sv. Jana Nepomuckého. Vedle presbytáře byla kazatelna a na pozemku vedle kostela se rozkládal hřbitov.

První rozsáhlou vnitřní opravu zajistil v roce 1864 P. L. Urban před slavností svěcení nového zvonu a nového vršovického hřbitova na místě dnešního náměstí Svatopluka Čecha. Při této opravě byly proraženy dveře ze sakristie na starý hřbitov (původně byly jediným vchodem do kostela dveře v průčelí). V roce 1865 byla opravena také zeď přilehlého starého hřbitova a o rok později (30. září 1866) byly nákladem obce pořízeny rovněž věžní hodiny, které byly zajímavé tím, že ukazovaly nejen čas, ale také jednotlivé měsíční fáze.

Další rozsáhlejší vnitřní úprava byla provedena v roce 1879 P. Šebánkem. Tehdy byl odstraněn velký kříž i se starým hlavním oltářem. Původní obraz sv. Mikuláše byl přemalován a umístěn na nový oltář, který pro kostel zhotovil řezbář František Heidelberg. Oltář sv. Jana Nepomuckého byl pro nedostatek místa zcela odstraněn a zbylé dva postranní oltáře byly upraveny podle hlavního oltáře a posunuty více do stran. V následujících dvou letech byl ještě rozšířen nový vršovický hřbitov a v důsledku toho starý hřbitov přilehlý ke kostelu byl zrušen a na jeho místě byl založen park.

Velkou proměnou prošel kostel v roce 1896. Původní kostel již pro rostoucí počet obyvatel nestačil, a z tohoto důvodu bylo rozhodnuto o jeho rozšíření. Byla stržena průčelní zeď a loď kostela byla prodloužena o 8 metrů. Celý kostel byl nově vymalován a oltáře kompletně zrestaurovány. Spolu s přestavbou byly pořízeny zpovědnice a také nové varhany. Celá přestavba i s vnitřními opravami tehdy stála 5 130 zlatých a 70 krejcarů. Za nové varhany farnost zaplatila 1 600 zlatých. Veškeré výdaje byly tehdy uhrazeny z darů a sbírek – přifařené Vinohrady se odmítaly na financování přestavby vršovického kostela podílet. V listině z pamětního kamene, který byl zazděn vlevo od hlavního vchodu, je možné přečíst následující text:

„Pamětní listina vložená do závěrečného kamene u příležitosti posvěcení přístavby kostela vršovického Léta Páně 1896 dne 27. září, právě v den výroční slavnosti posvěcení chrámu Páně, byl tento kostel po dokončení přístavby vysvěcen … Přístavbou zvětšen o 70 metrů čtverečných. Zásluhu o provedení toho dlužno přičísti důstojnému panu faráři P. Josefu Šaškovi, kterýž za mravní podpory obce i mnoha dobrodinců přístavbu provedl…S přístavbou kostela po úředním schválení plánů započato dne 7. dubna 1896 a bez všelikého úrazu ke cti a chvále Boží dokončena a dnešního dne veledůstojným panem vikářem Štěpánem Bittnerem z Líbeznice vysvěcena …“